Allah’ın Hz. İsa (a.s.)’a lütfettiği mucizelerinden ilki, onun bilinen sebepler dışında babasız olarak dünyaya gelmiş olması, daha sonra ise beşikte konuşarak peygamberliğini bildirmesidir. Aslında bu iki mucize, Allah’ın Hz. İsa (a.s.)’ı seçmiş olduğunu gösteren delillerdendir. Beşikteki bir bebeğin, iman etmiş olarak doğması ve doğar doğmaz çok akılcı bir mantık örgüsüyle konuşabilmesi, ancak Allah’tan bir mucize ile mümkündür:
Allah şöyle diyecek: “Ey Meryem oğlu İsa, sana ve annene olan nimetimi hatırla. Ben seni Ruhu’l-Kudüs ile destekledim, beşikte iken de, yetişkin iken de insanlarla konuşuyordun. Sana kitabı, hikmeti, Tevrat’ı ve İncil’i öğrettim…”(Maide Suresi, 110)
Hz. İsa (a.s.)’ın Allah’ın dilemesiyle gösterdiği diğer mucizeler ise ayette şu şekilde haber verilmektedir:
İsrailoğullarına elçi kılacak. (O İsrailoğullarına şöyle diyecek:) “Gerçek şu ben size Rabbiniz’den bir ayetle geldim. Ben size çamurdan kuş biçiminde bir şey oluşturur içine üfürürüm o da hemencecik Allah’ın izniyle kuş oluverir. Ve Allah’ın izniyle doğuştan kör olanı alaca hastalığına tutulanı iyileştirir ve ölüyü diriltirim. Yediklerinizi ve biriktirdiklerinizi size haber veririm. Şüphesiz eğer inanmışsanız bunda sizin için kesin bir ayet vardır.”(Al-i İmran Suresi, 49)
Şu ana kadar bahsedilen tüm bu mucizelere rağmen kavmin bir bölümü inkarlarını sürdürmüşlerdir. Hz. İsa (a.s.)’ın yaptıklarının ‘ustaca büyüler’den (Saff Suresi, 6) başka bir şey olmadığı iftirasında bulunarak, onu sihirbazlıkla itham etmeye kalkışmışlardır.